Ergenekon operasyonu başlamadan bir yıl önce, 2006’da doğu perinçek ve işçi partisi heyetinin zaman gazetesini ziyaret ettiği ortaya çıktı. İşçi Partisi’nin yayın organı Aydınlık gazetesi bir süredir Cumhuriyet gazetesini ”FETÖ’cü” olmakla suçluyordu.
Ziyarete dair fotoğrafları gazeteci İsmail Saymaz paylaştı. İşçi Partisi'nin yayın organı Aydınlık gazetesi, Cumhuriyet operasyonu başladığından beri bir Cumhuriyet gazetesini ''FETÖ'cü'' olmakla suçluyordu.
Yeni Akit Gazetesi Yazı İşleri Müdürü Ali İhsan Karahasanoğlu da bir yazısında Perinçek’in 2006’da Zaman gazetesine yaptığı ziyarete atıfta bulunarak, “Perinçek, Zaman’ı ziyaret ettiği 2006 yılında makbul bir insandı da.. 2014’te mi, “kötü adam” oldu..'' demişti.