31 Temmuz’da çıkarılan kararnameyle GATA sağlık ve Jandarma Genel Komutanlığı İçişleri Bakanlığı’na; Kuvvet Komutanlıkları da Milli Savunma Bakanlığı’na bağlandı. Bu uygulamanın, darbeci subaylar tarafından 2013 yılında dönemin Cumhurbaşkanı Abdullah Gül’e sunulmak üzere “Savunma Reformu Raporu”nda yer aldığı belirlendi.
Eski Tuğgeneral Murat Yetkin ve Hava Pilot Tuğgeneral Recep Ünal, 2013 yılında dönemin Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'e sunulmak üzere "Savunma Reformu Raporu" hazırladı. Raporu hazırlayan beş kişilik ekipte yer alan Murat Yetkin ve Recep Ünal, darbe girişiminin ardından tutuklandı. Ancak darbeci subayların "Savunma Reformu" planı, OHAL kararnameleriyle, fazlasıyla hayata geçirildi.
Aydınlık gazetesinden Mustafa K. Erol'un haberine göre; 220 sayfalık raporda, GATA ve TSK'nın Milli Savunma Bakanlığı'na bağlanması isteniyor. 31 Temmuz'da çıkarılan kararnameyle GATA sağlık, Jandarma Genel Komutanlığı iç işleri ve kuvvet komutanlıkları da Milli Savunma Bakanlığı'na bağlandı.
Raporda, Türkiye'de sivil – asker işbirliği çerçevesinde iki farklı görüşün olduğu ve bunlardan birinin TSK'nın bakanlığa bağlanması olduğu ileri sürülüyor. Raporun "Savunma Yönetimi" başlıklı bölümünde şu görüşlere yer veriliyor: "TSK'nın daha etkin bir askeri güç olarak yapılandırılabilmesi için tamamen muharip görevlere odaklanması, operatif ve taktik düzeylerin dışındaki stratejik karar alma süreçlerinin alt kademelerden itibaren sivil-asker işbirliğine dayanması ve Türkiye'ye özgü şartlar sebebiylegeçmişte üstlenmiş olduğu muhariplik dışında kalan görevlerini MSB'ye bırakması gerektiği değerlendirilmektedir."
Raporun sağlık alanıyla ilgili bölümünde GATA'nın da Milli Savunma Bakanlığı'na bağlanması gerektiği şöyle ifade ediliyor: "Doğrudan muharip unsurların eğitimi ile ilgili olmayan GATA ve bağlı okuları ile sağlık hizmetlerinin Milli Savunma Bakanlığı'na verilmesinin uygun olacağı değerlendirilmektedir." 31 Temmuz'da yayınlanan kanun hükmünde kararnameyle GATA Milli Savunma Bakanlığı'na değil ama Sağlık Bakanlığı'na bağlandı.
Darbe girişiminden tutuklanan Yetkin ve Ünal'ın imzasını taşıyan rapor ile OHAL kararnamesi arasındaki bir başka benzerlik, Milli Savunma Bakanlığı'nın güçlendirilmesi vurgusu. Raporun başlangıç bölümlerinde, Milli Savunma Bakanlığı'nın teknolojik ve personel olarak güçlendirilmesi üzerinde duruluyor. Mevcut gücüyle, tecrübesiyle ve bilgi birikimiyle TSK'nın, başka türlü denetlenemeyeceği ifade ediliyor: "MSB'ye Genel Kurmay Başkanlığı gibi güçlü, tecrübeli ve bilgi birikimine sahip bir askeri yapını bağlanması, ne arzu edilen düzeyde bir sivil-asker işbirliğini ne daha fazla etkinliği ve verimliliği sağlayacaktır. Onun için bu meseleyi daha uzun vadeli düşünmek ve her şeyden önce yeni eğitim-öğretim, burs ve istihdam politikaları başlatarak MSB'nin sivil yönetici ve uzman açığını kapatmak gerekir."
Hükümetin çıkardığı OHAL kararnamesiyle de bakanlığın teşkilat yapısının değiştirilmesi hedefleniyor. Kararnameye göre, Bakanlar Kurulu kararıyla mevcut genel müdürlük ve müstakil daire başkanlıkları kaldırılabilecek veya yeni genel müdürlük ve müstakil daire başkanlıkları kurulabilecek. Ayrıca TSK personelinin görevlendirileceği kadrolar Milli Savunma Bakanı tarafından belirlenecek ve görevlendirmeler de Bakan tarafından yapılacak.
Raporda dikkat çeken bir diğer ayrıntı, NATO ve AB ülkelerinde genelkurmay başkanlıklarının bakanlıkların içindeolduğu ancak Türkiye'nin istisna oluşturduğu vurgusu. AB ilerleme raporlarında Türkiye'nin mevcut durumunun eleştirel olarak ele alındığının belirtildiği raporda şöyle deniliyor: "Müttefik ülkelerde genelkurmay başkanlıkları savunma bakanlıklarının içindedir. Bu uygulama, Türkiye'nin üyesi olduğu NATO, AGİT ve Avrupa Konseyi tarafından da benimsenen bir kural haline gelmiştir. Türkiye bir istisna teşkil etmektedir. Bu konu Türkiye'de yüzeysel de olsa tartışılmaya devam etmektedir. Muhtemel üyeliğimizle ilgili AB Komisyon İlerleme Raporları'nda da Türkiye'nin bu durumu eleştirel bir yaklaşımla yer almaktadır."